アミノ酸は、アミノ基とカルボキシル基の両方の官能基を持つ有機化合物の総称だが、一般的に言われるアミノ酸とは生体のたんぱく質の構成ユニットとなる「α—アミノ酸」のこと。つまり、ヒトの体も作っているのだが、このアミノ酸には20種類あり、体内で合成できる非必須アミノ酸11種類（アルギニン、グルタミン、グルタミン酸、アラニン、セリン、アスパラギン、アスパラギン酸、チロシン、システイン、プロリン、グリシン）と、体内で合成できないため食べ物から摂取しなければならない必須アミノ酸9種類（バリン、ロイシン、イソロイシン、スレオニン、メチオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、リジン、ヒスチジン）から成る。必須アミノ酸は動物種によって異なる。

これら20種類のアミノ酸は、もちろん納豆にも含まれ、様々な健康効果がある。納豆を食べることで得られる必須アミノ酸の主な働きを取り上げて、表にまとめた。