納豆製品は蒸煮大豆に納豆菌を接種して容器に詰めた後、発酵室で納豆に仕上げられる。現在の製品のほとんどが、トレー（40〜50グラムのPSP角容器）もしくはカップ（30〜40グラムの紙製丸カップ）である。

PSP角容器はPSP（ポリスチレンペーパー）自体に断熱効果があるので、盛り込み作業後の発酵工程でも安定した発酵が行われ、商品の出来上がりが良く、冷蔵熟成後の流通段階でも品質の保持に役立つ。角容器は包装工程でも2段、3段の段積み包装機があれば商品となるが、カップ容器の場合だと、トップシール機、台紙供給機、シュリンク包装機などが必要になる。

従来の納豆包装容器の特性をまとめたものが下表である。各容器の保温、保水、通気などに関する機能には差異があるため、ひとつの発酵室内に多種類の容器を引き込むことは避けねばならない。良い納豆を得るには、1発酵室に対して容器を1種類とするのが原則である。

注）◎良い、○普通、△あまり良くない、×悪い