日本の糸引き納豆については、中国から伝来した、というのが定説になっているが、それは本当に正しいのか？　東京農業大学の小泉武夫教授は異を唱えている。寺納豆、浜納豆、大徳寺納豆などの糸を引かない塩辛納豆については、奈良時代から宮内省大膳職で作られていた〓（くき）の一種であり、平安時代後期の『新猿楽記』（藤原明衡著、1058〜66年）にも「精進物、春、塩辛納豆」の記述が見え、中国から伝来したことに間違いはないようだ。しかし、糸引き納豆に関しては、大陸から伝来しなくても、日本で独自に発生しえたものだ、と小泉教授は考える。

糸引き納豆の日本起源説の根拠には、日本のしょう油やみそ造りが奈良時代から行われていて、「穀醤（こくびしお）」や「未醤（みしょう）」として確立していたことがまず挙げられる。ちなみに「未醤」とは、みその原型となったもの。しょう油やみそを造るには、大豆に「花」と呼ばれる麹カビを付けて、大豆麹を作らなければならない。その昔、この大豆麹を作る際に、まず稲わらで作ったむしろを敷き、そこに煮た大豆を広げ、その上にさらに稲わらを被せて作っていた。すると、稲わらに生育していた麹菌と納豆菌は、同時に大豆上で繁殖し、糸を引く大豆麹を作ってくれる。

この時、40℃くらいの高い温度で麹を作ると、高温に対して強い納豆菌の繁殖が優勢となり、麹菌は繁殖が抑えられて、糸引き納豆だけが出来上がることになる。逆に、温度が40℃以下になると、納豆菌は繁殖できずに、麹菌の方が繁殖する。昔は温度計など無かったので、手で触った時の大体の感覚で温度を計っていた。煮た大豆をむしろの上に載せる温度の微妙な違いで、麹になるか、糸引き納豆になるかが決まっており、それは作り手の判断に委ねられていたのだろう。つまり、大陸から糸引き納豆が渡来してくる必要はなく、しょう油・みそ造りが行われていた奈良時代には、同時に糸引き納豆も作っていたはずだ、と小泉教授は確信している。

※「〓」は「豆」＋「支」