農林水産省の消費・安全局表示・規格課が、有機農産物と有機農産物加工食品について公表する「平成17年度認定事業者に係る格付実績」によると、国内で有機JASの格付けされた豆腐は7万25トン。大豆の使用量から推計した2005年の豆腐の生産量は約124万5,000トンだから、約5.6％に当たる。ちなみに、国内で有機JASの格付けされた納豆は9,908トンで、豆腐、納豆ともに海外では格付けされていない。大豆は、有機農産物と国内で格付けされたものが877トン、外国で格付けされたものが3万5,362トンとなっている。

「有機農産物」とは、「化学的に合成された肥料および農薬の使用を避けることを基本として、播種または植え付け前2年以上（多年生作物にあたっては、最初の収穫前3年以上）の間、堆肥等による土作りを行った圃場において生産された農産物」を指す。「有機農産物加工食品」は、「原材料である有機農産物の持つ特性が、製造または加工の過程において保持されることを旨とし、化学的に合成された食品添加物および薬剤の使用を避けることを基本として製造された加工食品。食塩および水の重量を除いた原材料のうち、有機農産物および有機農産物加工食品以外の原材料の占める割合が5％以下であることが必要」と定義されている。

JAS規格（日本農林規格）と食品表示（品質表示基準）の2つについて定めたのが「農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律（JAS法）」であり、遺伝子組み換え食品の表示や有機農産物加工食品の認定・表示、生鮮食品の原産国表示の義務化などを盛り込んだ「改正JAS法」は2000年6月に施行された。すべての生鮮食品に対する原産地・原産国表示、農産物の有機認証表示、精米内容表示、遺伝子組み換え農産物を使用した加工食品の表示義務なども2001年4月からスタートしている。農水省食品流通局は改正JAS法に基づいて、表示する有機農産物や有機農産物加工食品の「有機JASマーク」を決定、検査認証を受けた有機農産物・有機農産物加工食品であるか否かはこのマークによって判断される。また「有機JASマーク」がない農産物や農産物加工食品に「有機」「オーガニック」などの名称の表示や、これと紛らわしい表示を付すことは法律で禁止されている。