遺伝子組み換え（GM）作物を用いて製造された食品で、本来、人口増加に伴う世界の食糧危機を打開するために開発された。除草剤に強い大豆・トウモロコシ・ナタネ、害虫に強いトウモロコシ・ジャガイモなどがあり、日本では1996年から輸入され、流通している。その安全性に疑問があるという消費者などの声を受け、農林水産省は2001年4月からGM農産物及びそれを原料にした食品に表示義務（例えば「大豆（遺伝子組み換え）」等）を実施。しかし、しょうゆ、食用油脂、マッシュポテト、ジャガイモ澱粉などは、加工工程で「遺伝子組み換えで生じたDNAやたんぱく質」が除去・分解されるとの理由で表示義務はない。

01年5〜7月、大手メーカーのスナック菓子に、日本では未承認のGMジャガイモ（米国・カナダ産）の混入が相次いで発覚し、各社は自主回収に追われた。国連食料農業機関（FAO）と世界保健機関（WHO）の食品基準委員会は、03年までにGM農産物の安全性評価ための交際標準を策定する。